存疑不起诉不会被开除公职，存疑的情形一般都是对于此案件的犯罪证据并没有掌握，故此不能判处该民事主体承担任何的处罚，我国对于此种情形的处理就是存疑即是没有，故此该犯罪行为人一般都会被无罪释放，并且不会被起诉。

检查机关经退回补充侦查后，仍然认为证据不足，而做出的不起诉决定。如果将来收集到足够的证据，检查机关仍然保留起诉的权力，但在那之前，根据“无罪推定”原则，当事人应被视为无罪，不会因此开除公职。但如果将来再度被起诉并判决有罪，会相应被开除公职。

检查机关经退回补充侦查后，仍然认为证据不足，而做出的不起诉决定。如果将来收集到足够的证据，检查机关仍然保留起诉的权力，但在那之前，根据“无罪推定”原则，当事人应被视为无罪，不会因此开除公职。但如果将来再度被起诉并判决有罪，会相应被开除公职。

一、存疑不起诉是否可申请国家赔偿

根据《刑事诉讼法》第一百四十条第四款规定作出的不起诉决定，应视为对案件作出了无罪的决定。检察机关在批捕时即便有部分可以证明有罪的证据，但如果在起诉时仅凭这些证据仍不能证明犯罪嫌疑人有罪，并作出不起诉决定的，在法律上不能认定有罪，应按无罪处理。对没有犯罪事实的人采取了拘留、逮捕等强制措施，就是侵害了公民的人身自由权利，根据《国家赔偿法》的规定，国家应当给予赔偿。检察院存疑不起诉的案件当事人申请国家赔偿，应当依法启动国家赔偿程序。

检察机关的不起诉可分为三种情形：

（一）犯罪嫌疑人的行为不构成犯罪或依法不应追究刑事责任的不起诉，称为“绝对不起诉”（或“法定不起诉”）；

（二）依法不需要判处刑罚或免除刑罚的不起诉，称为“相对不起诉”（或“酌定不起诉”）；

（三）证据不足不符合起诉条件的不起诉，称为“存疑不起诉”（或“疑案不起诉”）。

二、存疑不起诉有案底吗？

存疑不起诉的一般没有案底，案底是犯罪记录。如果行为人被刑事处罚或者采取刑事强制措施的，会有案底；而不起诉的，未受到相关刑事处罚的，一般就没有案底。