全程垫资的工程是不是合法的。依据最高人民法院司法解释的规定，承包方垫付工程款是允许的，但建设单位就垫资问题应该与承包方签订合同进行约定。

《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》

第六条当事人对垫资和垫资利息有约定，承包人请求按照约定返还垫资及其利息的，应予支持，但是约定的利息计算标准高于中国人民银行发布的同期同类贷款利率的部分除外。当事人对垫资没有约定的，按照工程欠款处理。当事人对垫资利息没有约定，承包人请求支付利息的，不予支持。