达到下列标准徇私舞弊抵扣税款罪才能立案：

1、为徇私情或私利，通过伪造材料、弄虚作假等手段，违法抵扣不应抵扣的税款或擅自决定抵扣不应抵扣的税款，给国家税收造成的损失累计达10万元以上的；

2、给国家税收造成的损失累计不满10万元，但存在受贿赂等情节恶劣的情形。

徇私舞弊抵扣税款罪最新立案标准

涉嫌下列情形之一的，应予立案：

1、为徇私情、私利，违反法律、行政法规的规定，伪造材料，隐瞒情况，弄虚作假，对不应发售的发票予以发售，对不应抵扣的税款予以抵扣，对不应给予出口退税的给予退税，或者擅自决定发售不应发售的发票、抵扣不应抵扣的税款、给予出口退税，致使国家税收损失累计达10万元以上的；

2、徇私舞弊，致使国家税收损失累计不满10万元，但具有索取、收受贿赂或者其他恶劣情节的。

《刑法》第四百零四条

税务机关的工作人员徇私舞弊，不征或者少征应征税款，致使国家税收遭受重大损失的，处五年以下有期徒刑或者拘役；造成特别重大损失的，处五年以上有期徒刑。

《人民检察院直接受理立案侦查案件立案标准的规定（试行）》第二条

（十二）涉嫌下列情形之一的，应予立案：

1、为徇私情、私利，违反法律、行政法规的规定，伪造材料，隐瞒情况，弄虚作假，对不应发售的发票予以发售，对不应抵扣的税款予以抵扣，对不应给予出口退税的给予退税，或者擅自决定发售不应发售的发票、抵扣不应抵扣的税款、给予出口退税，致使国家税收损失累计达10万元以上的；

2、徇私舞弊，致使国家税收损失累计不满10万元，但具有索取、收受贿赂或者其他恶劣情节的。