如何利用商业秘密实现其保护，在审判实践中仍然反映出很多问题。具体表现为：

1、对计算机软件商业秘密的思想认识不够到位。(1)对计算机软件的经济特征、技术特征及风险特征认识不足；(2)对商业秘密与企业发展的关系认识不足；(3)对现有法律的保护的方式认识的还不够充分；(4)对计算机软件使用商业秘密保护缺乏理论研究和实践经验。

2、对计算机软件商业秘密的界定的原则和标准不清晰。(1)计算机软件中“不为公众所知悉”的标准的划分及界定；(2)计算机软件能为权利人带来经济利益。(3)实用性。实用性是指该信息具有确定的可应用性；(4)权利人应当采取保密措施。

3、对计算机软件商业秘密的保护措施不够到位。计算机软件存在商业秘密是客观的，特别是对商业秘密的核心技术，业界的同行们心里都非常清楚。但是，能够自觉运用保护商业秘密的法律手段来维护自己的权益，却显得非常不够。有的企业管理领导层根本就没有保密的意识，也就没有保密的措施，有的虽然采取了措施，但是措施不到位，保密制度不健全。

4、计算机软件商业秘密侵权纠纷案件中诉讼证据不到位，诉讼的多，胜诉的少。由于权利人对计算机软件商业秘密的认识不到位、界定不到位、保护措施不到位、诉讼证据不到位等原因，导致诉讼的多，胜诉的少的被动局面。

对策

1、在企业管理层建立起保密的法律意识。在软件的工程开发的初级阶段，企业的管理者就应向其内部工作人员告知商业秘密的存在，做好保守秘密的思想教育工作，及早树立起保密的意识。

2、加强文档的管理。如对文件进行编号、划分等级，配置必要的保密、防盗设备，确保秘密文件及其所处区域的安全等。又如建立项目开发档案，妥善保管立项论证报告、阶段性开发文档包括立项、论证、编写、调试、测试、各阶段的软件版本及终级软件版本等技术文档资料。

3、企业应限定知情人员的范围，将项目分解成若干项目，严格分工，员工只接触其必须完成任务的相关项目，总体方案由主要决策人员控制和把握。企业应与掌握、接触商业秘密的关键人员如工程技术人员和管理人员签订保密协议和竞业禁止协议。明确这些人员的保密义务和泄密责任；对调离或退休的知悉该秘密的人员，提醒他们履行保密义务及泄密的法律责任。在此特别需要强调指出，为了保护商业秘密，企业与员工之间一般签订两种协议：保密协议和竞业禁止协议。

这两种协议是有很大区别的。

第一，保密的方式不同。保密协议也称为不披露协议，指企业与员工之间签订的协议，它要求员工保守商业秘密，不得披露。而竞业禁止协议是禁止从事竞争性的行业，它是指负有特定义务的工作人员在任职期间或离职后，在一定期间内不得从事与其任职企业有竞争的行业。

第二，保密的时间范围不同。保密协议并无时间限制，除非该商业秘密被他人突破，进入公知领域。

第三，违约的侵害后果不同。员工违反保密协议时，对企业商业秘密的侵害是实际存在的；而竞业禁止协议是对推定损害事先防范的制度，当员工违反竞业禁止协议时，对企业商业秘密的侵害是推定的。笔者认为，竞业禁止协议是保护商业秘密的一种更为行之有效的方法，它能对权利人的商业秘密保护起到更充分的保护作用。