一、分居两年后离婚的申请流程是什么

分居两年的，可以选择协议离婚或者诉讼离婚。如果双方协商一致后，可持双方的离婚协议书、结婚证、身份证、户口本到一方常住户口所在地的婚姻登记机关办理离婚手续。若是一方不同意离婚的，或者签了离婚协议后反悔不履行的，另一方可以向法院提起诉讼离婚。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条

夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。

二、离婚时如何保护自己的权益

离婚时保护自己的权益的方式：

1．当事人应当及时对夫妻共同财产及共同债务等清单或凭证进行保存；

2．若另一方存在重婚、与他人同居、实施家庭暴力等过错的，还应当收集相关证据；

3．离婚时保障自己的权益的其他方式。

《婚姻登记条例》第十二条

办理离婚登记的当事人有下列情形之一的，婚姻登记机关不予受理：

（一）未达成离婚协议的；

（二）属于无民事行为能力人或者限制民事行为能力人的；

（三）其结婚登记不是在中国内地办理的。

三、起诉离婚诉讼费大概多少

起诉离婚诉讼费是每件离婚案件交纳50元至300元。涉及财产分割，财产总额不超过20万元的，不另行交纳；超过20万元的部分，按照0．5％交纳。起诉离婚的诉讼费首先会由原告承担，待人民法院作出判决后由败诉者承担。如果判决后双方都有责任的就按照双方责任的大小比例各自承担缴费。

《中华人民共和国民法典》：第四章　离婚　　第一千零七十九条　夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。\n人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。\n有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：\n（一）重婚或者与他人同居；\n（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；\n（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；\n（四）因感情不和分居满二年；\n（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。\n一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。\n　　经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。