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分公司与子公司在纳税方面是存在本质区别的。分公司不具备独立法人资格，因此不可以独立核算，在税收管理上，分公司的增值税等流转税可以由分公司自己...
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分公司如何：分公司的流转税，必须在当地的税务机关核算缴纳，这个是流转税的基本原则。也就是到申报缴纳。现在基本上所有的城市地税申报都是网上申报，未开通网上申报的，可以凭借税务登记证（正本副本），基本行开户许可证，基本行开户行信息等证件，到当地税务机关申请网上申报纳税。如果分公司跟总公司之间是非独立核算，那么，分公司的所有税种的申报，都必须由总公司汇总，由总公司申报。非独立核算的分公司仅仅只是总公司的一个分支机构，相当于一个部门。一般情况下，如果分公司是个独立核算的群体，既有营业收入，又有支出，分公司虽小，但是五脏俱全，这种情况下的分公司，从财政考核上考虑，相信很多企业领导人都会做出一个决定，总分公司财政独立，个子独立核算。独立核算下的分公司，需要向当地税务机关申报纳税。在分公司成立之初，就可以凭借当即工商部门审批下来的分公司营业，总公司的营业执照等相关证件，到当地银行办理分公司基本行开户。如果总分公司不在一个地级市，这时候的企业所得税的申报，则需根据跨区经营所得税申报原则进行申报，按照总公司所在地国税部门核准的分配比例，总公司分公司分别各自向当地所得税申报主管部门申报缴纳。关于企业所得税的申报问题，如果总分公司在同一个地级市以内，那么无论总分公司是否独立核算，均由总公司汇总申报即可。
分公司与子公司纳税上的区别 子公司必须独立核算，独立申报纳税。?分公司不是独立法人，可以不独立核算，所得税可以在总公司合并汇算清缴。 （一）企业所得税的规定子公司应当单独计算应纳税额，在注册地缴纳税款，并适用按月（或季）预缴、年底汇算清缴的规定。设立为分公司后，在企业所得税的征管上执行跨地区汇总缴纳企业所得税的规定。相关的企业所得税审批、备案事项，子公司自行收集整理资料，向当地所得税主管税务机关申请。分公司应由总机构收集整理资料，并向总机构所在地所得税主管税务机关申请。 （二）其他税种的影响增值税上，根据《增值税暂行条例》的规定：固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税;总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。因此，无论设立成子公司还是分公司，都需在机构所在地缴纳增值税。其他地税，如房产税、土地使用税，均需在资产所在地纳税;而个人所得税也应在企业生产经营当地缴纳。因此，无论设立成子公司还是分公司，对项目所在地的地税基本不产生影响。
子公司与分公司的区别是： (1)主体资格不同。 子公司是独立的法人，拥有自己独立的名称、章程和组织机构，对外以自己的名义进行活动，在经营过程中发生的债权债务由自己独立承担。 分公司则不具备企业法人资格，没有独立的名称，其名称应冠以所隶属公司的名称，由隶属公司依法设立，只是公司的一个分支机构。 (2)意志关系不同。 母公司对子公司的控制必须符合一定的法律条件。母公司对子公司的控制一般不是采取直接控制，更多地是采用间接控制方式； 即通过任免子公司董事会成员和投资决策来影响子公司的生产经营决策。而分公司其人事、业务、财产受隶属公司直接控制，在隶属公司的经营范围内从事经营活动。 (3)承担债务的责任方式不同。 母公司作为子公司的最大股东，仅以其对子公司的出资额为限对子公司在经营活动中的债务承担责任；子公司作为独立的法人，以子公司自身的全部财产为限对其经营负债承担责任。 分公司由于没有自己独立的财产，与隶属公司在经济上统一核算，因此其经营活动中的负债由隶属公司负责清偿，即由隶属公司以其全部资产为限对分公司在经营中的债务承担责任。
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