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传染病防治失职罪判定时，应区分本罪与工作失误的界限。因工作失误往往也会给国家和人民的利益造成重大损失，在这一点上与本罪相同之处。但两者有严格的区别： (1)客观行为特征不同。工作失误，行为人是认真履行自己的职责义务；而本罪则表现为行为人不履行或不正确履行自己的职责义务。 (2)导致发生危害结果的原因不同。工作失误，是由于制度不完善，一些具体政策界限不清，管理上存在弊端，以及由于国家工作人员文化水平不高，业务素质较差，缺乏工作经验，因而计划不周，措施不当，打法不对，以致在积极工作中发生错误，造成国家和人民利益遭受重大损失。而本罪，则是违反工作纪律和规章，严重官僚主义，对工作极端不负责任等行为造成严重后果的。
根据1999年9月16日最高人民检察院发布施行的《关于人民检察院直接受理立案侦查案件立案标准的规定》(试行)的规定，涉嫌下列情形之一的，应予立案： 1、导致甲类传染病传播的; 2、导致乙类、丙类传染病流行的; 3、因传染病传播或者流行，造成人员死亡或者残疾的; 4、因传染病传播或者流行，严重影响正常的生产、生活秩序的; 5、其他情节严重的情形
认定传染病防治失职罪时，应区分传染病防治失职罪与工作失误的界限。因工作失误往往也会给国家和人民的利益造成重大损失，在这一点上与传染病防治失职罪相同之处。但两者有严格的区别：(1)客观行为特征不同。工作失误，行为人是认真履行自己的职责义务;而传染病防治失职罪则表现为行为人不履行或不正确履行自己的职责义务。(2)导致发生危害结果的原因不同。工作失误，是由于制度不完善，一些具体政策界限不清，管理上存在弊端，以及由于国家工作人员文化水平不高，业务素质较差，缺乏工作经验，因而计划不周，措施不当，打法不对，以致在积极工作中发生错误，造成国家和人民利益遭受重大损失。而传染病防治失职罪，则是违反工作纪律和规章，严重官僚主义，对工作极端不负责任等行为造成严重后果的。
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