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财政部、国家税务总局《关于贯彻落实〈中共中央国务院关于加强技术创新，发展高科技，实现产业化的决定〉有关税收问题的通知》(财税字〔1999〕273号)第一条和第二条规定，计算机软件产品是指记载有计算机程序及其有关文档的存储介质(包括软盘、硬盘、光盘等)。对经过国家版权局注册登记，在销售时一并转让著作权、所有权的计算机软件征收营业税，不征收增值税。 技术开发是指开发者接受他人委托，就新技术、新产品、新工艺或者新材料及其系统进行研究开发的行为。 根据上述规定，软件公司在开发软件过程中，按开发进度取得收入。如果是受托为各大油田的油井开采开发控制软件，应按技术开发缴纳营业税；如果不是受托开发软件，应按销售计算机软件产品缴纳增值税；如果是在销售计算机软件时一并转让著作权、所有权，应按转让无形资产缴纳营业税。
专利许可使用费主要根据以下情况来予以确定： (1)专利权人研究开发专利所支出的费用; (2)被许可人使用专利所能获得的经济收益; (3)专利许可的类型、实施的行为种类和期限; (4)被许可人支付使用费的方式和时间。
专利转让费的结算方式，一般有三种： １、一次性结算。一次性结算是指签定转让合同后，按合同所定的价格，由被许可方（受让方）一次性向许可方（专利权人）支付转让费。 ２、提成。分固定提成和滑动提成两种。 （１）固定提成就是把合同产品的生产数量或者净销售额人为地固定在某一个数字上（不管实际的生产数量或净销售额是多是少），在提成所限内每年按这个数字提成； （２）滑动提成就是按照每年实际生产出来的产品数量或实际的净销售额提成。 ３、定额与提成相结合。 （１）固定的部分叫初付费，也叫入门费，这部分费用在合同生效后就要立即支付； （２）提成部分要在项目投产后在合同约定的年限内支付，方法同提成。
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