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犯本罪的，处三年以下、或者；后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。
是指从事实验、保藏、携带、运输传染病菌种、毒种的人员，违反国务院卫生行政部门的有关规定，造成传播染病菌种、毒种扩散，后果严重的行为。行为人必须是违反国务院卫生行政部门的规定，造成传染病菌种、毒种扩散的才能构成本罪。根据第三百三十一条之规定，犯本罪的，处三年以下或者;后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。加重处罚事由犯传染病菌种、毒种扩散罪而后果特别严重的，是本罪的加重处罚事由，这里的后果特别严重，是指致使多人死亡或者残疾的。
（一）本罪与一般违法行为的界限传染病菌种、毒种扩散罪与违反国务院卫生行政部门规定的传染病菌种、毒种的实验、保存、携带运输规定的一般违法行为有一些相似之处，如两者都违反了相关规定，主观上对可能或已经发生的危害结果表现出的心理状态是过失等。两者的主要界限应从危害结果中把握：前者必须引起传染病菌种和毒种的扩散，并造成严重后果；后者可能不会引起菌种和毒种的扩散，或者虽然已经引起了传染病菌种和毒种的扩散，但后果并不严重。（二）本罪与危险物品肇事罪的区分，是指违反爆炸性、易燃性、放射性、毒性和腐蚀性物品管理规定，在生产、储存、运输和使用中发生重大事故，造成严重后果的行为。它的区别在于：第一，两者侵害的主要对象不同。本罪侵害的主要对象是国家传染病防治管理制度；后者侵害的主要对象是公共安全；第二，犯罪对象的性质不同。毒害物品作为危险物品肇事罪的犯罪对象之一，应当是指敌敌畏、敌百虫、砷、氰化钾、氰化钠、氧化乐甲等无机物，强调其剧毒性；传染病菌种和毒种是有机物，其主要特点是传染性，两者有显著差异。三是犯罪主体不同。前者的犯罪主体是特殊主体，即只从事实验、保存、携带和运输传染病菌种和毒种的人员；后者的犯罪主体是一般主体，任何具有刑事责任能力的自然人都可以构成犯罪。
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