职工月工资扣除个人承担的三险一金和费用3500元，适用超额累进税率纳税。按《个人所得税法》和国务院《个人所得税实施条例》规定，职工工资薪金所得，扣除应有个人缴纳的社会保险费和住房公积金，减除费用3500元后，适用超额累进税率，缴纳个人所得税。职工应纳个人所得税税额=应纳税所得额×适用税率-速算扣除数=（扣除三险一金后月收入-扣除标准）×适用税率-速算扣除数。《个人所得税法》第二条下列各项个人所得，应纳个人所得税：一、工资、薪金所得；第三条个人所得税的税率：一、工资、薪金所得，适用超额累进税率，税率为百分之三至百分之四十五（税率表附后）。第六条应纳税所得额的计算：一、工资、薪金所得，以每月收入额减除费用三千五百元后的余额，为应纳税所得额。国务院《个人所得税法实施条例》第二十五条按照国家规定，单位为个人缴付和个人缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金，从纳税义务人的应纳税所得额中扣除。
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1、企事业单位按照国家或省(自治区、直辖市)人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，免征个人所得税;个人按照国家或省(自治区、直辖市)人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，允许在个人应纳税所得额中扣除。 2、根据《住房公积金管理条例》、《建设部、财政部、中国人民银行关于住房公积金管理若干具体问题的指导意见》等规定精神，单位和个人分别在不超过职工本人上一年度月平均工资12%的幅度内，其实际缴存的住房公积金，允许在个人应纳税所得额中扣除。应纳个人所得税=(收入总额-基本养老保险费-基本医疗保险费-失业保险费-住房公积金-费用扣除标准5000)*适用税率-速算扣除数。个人所得税税率则是按照国家个人所得税相关税率进行缴纳相关税费。个人缴纳部分都在工资里直接扣除，而且不记入个人所得额缴纳个税。
工资是扣完五险一金才发放的,五险一金虽然单位会给职员缴纳,但是每个月职员的部分薪资,也需要被扣除来缴纳五险一金,也即五险一金需要职员与单位共同缴纳。若是职员在入职之前,与单位签署的合同之中,没有约定缴纳五险一金的,工资发放时无需扣除。
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