实行综合计算工时需要经过审批的。如果已经审批通过，那么是合法的。劳动部关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法第五条企业对符合下列条件之一的职工，可实行综合计算工时工作制，即分别以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。（一）交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业中因工作性质特殊，需连续作业的职工；（二）地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工；（三）其他适合实行综合计算工时工作制的职工。第六条对于实行不定时工作制和综合计算工时工作制等其他工作和休息办法的职工，企业应根据《中华人民共和国劳动法》第一章、第四章有关规定，在保障职工身体健康并充分听取职工意见的基础上，采用集中工作、集中休息、轮休调休、弹性工作时间等适当方式，确保职工的休息休假权利和生产、工作任务的完成。
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综合计算工时不能低于当地最低工资。用人单位应实行同工同酬，支付给劳动者的工资在剔除延长工作时间工资，中班、夜班、高温、低温、井下、有毒有害等特殊工作环境、条件下的津贴，法律、法规和国家规定的劳动者福利待遇等，不得低于当地公布的最低工资标准。
单位采用综合计算工时的工作制度的，其支付给劳动者的工资不能低于当地最低工资。用人单位应实行同工同酬，支付给劳动者的工资在剔除延长工作时间工资，中班、夜班、高温、低温、井下、有毒有害等特殊工作环境、条件下的津贴，法律、法规和国家规定的劳动者福利待遇等，不得低于当地公布的最低工资标准。
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