根据《中华人民共和国发票管理办法实施细则》规定：第三十一条使用发票的单位和个人应当妥善保管发票。发生发票丢失情形时，应当于发现丢失当日书面报告税务机关，并登报声明作废。一、如遗失非电子发票按下列规定处理：开具发票一方遗失已填开的发票联，应重新开具发票交对方入账。重新开具发票时，应在备注栏填写遗失发票的客户名称、发票种类代码和号码、金额，开票单位。开具发票方记账时附上遗失发票的其他联次作为合法入账凭证；遗失的发票只有发票联的，记账时应附上取得发票方出具的书面证明，内容包括取得发票单位名称、购货或服务的单位数量、单价、规格、大小金额、发票种类代码和号码等作为合法入账凭证。。
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一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》或《丢失货物运输业增值税专用发票已报税证明单》（附件 1、2，以下统称《证明单》），作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。
进项发票遗失，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查。如果丢失前未认证的，可以将发票底联复印一份后留存备查。已经开具的发票存根联和发票登记簿，应当保存5年。
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