《国家税务总局关于进一步加强印花税征收管理有关问题的通知》(国税函[2004]150号)规定，根据《税收征管法》第三十五条规定和印花税的税源特征，为加强印花税征收管理，纳税人有下列情形的，地方税务机关可以核定纳税人印花税计税依据： (一)未按规定建立印花税应税凭证登记簿，或未如实登记和完整保存应税凭证的; (二)拒不提供应税凭证或不如实提供应税凭证致使计税依据明显偏低的; (三)采用按期汇总缴纳办法的，未按地方税务机关规定的期限报送汇总缴纳印花税情况报告，经地方税务机关责令限期报告，逾期仍不报告的或者地方税务机关在检查中发现纳税人有未按规定汇总缴纳印花税情况的。 地方税务机关核定征收印花税，应向纳税人发放核定征收印花税通知书，注明核定征收的计税依据和规定的税款缴纳期限。
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税务机关核定企业应纳税所得额的方法 是应纳税所得额=利润总额+纳税调整项目金额。税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行；法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。
印花税申报时间按季进行申报，于每季度终了后十日内向所在地地方税务机关报送“印花税纳税申报表”或“监督代表报告表”。只办理税务注册登记的机关、团体、部队、学校等印花税纳税单位，可在次年一月底前到当地税务机关申报上年税款。
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