医保卡个人账户的余额不会转到大病补助里，还是在自己的账户上，随时可以使用。城镇职工医疗保险单位和个人所缴纳的钱划分为两部分：一、个人账户（俗称医保卡）；二、统筹账户。每月都会从所缴费用当中按比例分配到这两个账户，换句话讲医保卡就是所缴保费中一部分的累计，可以供个人自由支配，支付门诊、到定点药店购买药品，以及支付住院费用当中自付额部分。同时，因病住院治疗需要统筹账户支付费用时，医保卡就是一个记账凭证（前提是有持续缴费）。一般医院的做法是入院时凭医保卡登记，所有的属于医保范围内的医疗费用直接由社保中心设在医院的结算中心直接与医院结算，自己只需支付自付额部分就行。当然、假如医保卡内有足够的余额（一般得累计很长时间），就用医保卡刷卡支付，如果不够，就由现金支付。
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大病医疗保险报销流程：第一步，参保人员携带身份证、医保卡、医疗费清单到当地定点医院医保科填写相关表格进行初审。第二步，定点医院将初审合格的参保居民信息报各城镇医疗保险经办机构审核。第三步，最终审核合格的参保居民由各城镇医疗保险经办机构组织发放大病医保报销款。
关于农村医疗保险大病救助每个地方的政策规定有所不同，报销金额依照当地规定进行。一般来说，城乡低保对象、见义勇为负伤人员因病(伤)住院，按照60%比例给予救助。按照60%比例给予救助，按照20%比例给予救助。
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