不合法。关于旷工扣款这个要看公司规章制度是如何规定的，每个单位情况不一样，以实际情况为准。而且规章制度必须经过了民主程序，必须公示。劳动法和劳动合同法都没有对旷工行为如何处理的规定，只是规定对员工违反企业规章制度的违纪行为企业有权做出相应的处理，单位的规章制度要经过民主程序进行公示，而且必须是合法有效并且已经送达给员工的，这样才有效。规章制度对旷工行为概念和发生旷工有明确规定的，按具体的处理规定结合员工的实际旷工行为进行处理。关于违约金和罚金的问题，首先从2008年1月1日后除了培训费和竞业禁止或给单位造成直接经济损失外员工不承担其他违约责任。还有罚金的问题首先针对旷工当日的工资单位依法不予发放，但是额外扣的罚款就没有依据了。所以综上所述，单位有权决定扣款标准，但是那个旷工每天算三天，额外扣20%是不合法的，只能对旷工当日的工资不予发放，除此之外的扣罚就是没有法律依据的。
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劳动者旷工属于严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以单方面解除劳动合同，不需要赔偿。除此之外劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；在试用期间被证明不符合录用条件的；被依法追究刑事责任的；其他。
旷工不得克扣员工工资，旷工只能按事假扣工资，旷工当天没有工资，旷工行为在很多单位属于严重违规违纪行为，可能会被开除，但单位不能扣押员工已上过班的工资。职工无正当理由经常旷工，经批评教育无效，连续旷工时间超过15天，或者一年以内累计旷工时间超过30天的，企业有权予以除名。
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