根据《国家税务总局关于简化增值税发票领用和使用程序有关问题的公告》(国家税务总局公告2014年第19号)规定：一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，按以下情况处理：（1）如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证;（2）如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。（3）一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票联复印件留存备查;如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联认证，专用发票发票联复印件留存备查。
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1、开具发票一方丢失已填开的发票联，应重新开具发票交对方入帐。重新开具发票时，应在备注栏填写丢失发票的客户名称、发票种类代码和号码、金额，开票单位。开具发票方记帐时附上丢失发票的其他联次作为合法入帐凭证。 2、取得发票一方丢失已填开的发票联，应取得原签发单位盖有公章的证明，并注明原来发票号码、金额和内容等，由经办单位负责人批准后，才能代作原始凭证。实行电子发票的，由开票方按丢失发票代码、号码查询打印（复印）发票图片，加盖开票方公章作为入账凭证。
当发票联丢失时，不能再开具红字发票冲销。增值税普通发票发票联丢失，需与供货方联系，用发票记账联复印件入账。记账联复印件必须加盖开票方公章，且在购货方主管税务机关盖章备案。记账联原件在开票方留存，购货方不能直接将记账联拿回记账。对丢失已开具的增值税普通发票，购买方可凭销售方主管国税机关开具的《丢失增值税普通发票已报税证明单》和记账联复印件到购买方主管国税机关验证相符后，凭记账联复印件及《验证结果通知书》作为记账凭证。
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