专利和版权分属不同的知识产权，但保护的侧重点有所不同，版权保护的是软件的源代码序列及运行过程中的文档。专利保护的是软件的运作方法。版权要求具有独创性就能够享有，而专利要求具有新颖性和创造性。如果你们的软件的运行过程已经完全公开，那么依该软件申请的专利很可能就没有新颖性而不予授权。因此你们可以在专利审查过程中提出审查建议，但审查建议不是法定程序，不一定被审查员所采纳。另外还可以等授权后对其宣告无效。 不过如果申请专利的公司与你公司没有关系，目前也不能起诉，只能提建议或者提出无效宣告。
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专利权和版权有以下区别： 1、保护对象不同。专利保护发明创造发明、实用新型、外观设计，而版权保护完成的作品； 2、产生方式不同。专利权以授权而产生，版权自作品完成时自动产生； 3、其他区别。
专利申请权与专利权的区别有：含义不同，专利权指的是申请的发明创造符合专利法授权的条件，而获得的独占性的权利。专利申请权指的是发明创造向国家知识产权局提出申请专利的权利。获得的时间不同，专利权是在最终授权后获得，专利申请权是在提出专利申请到专利被授权或驳回之前的权利。
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