专利和版权分属不同的知识产权，但保护的侧重点有所不同，版权保护的是软件的源代码序列及运行过程中的文档。专利保护的是软件的运作方法。版权要求具有独创性就能够享有，而专利要求具有新颖性和创造性。如果你们的软件的运行过程已经完全公开，那么依该软件申请的专利很可能就没有新颖性而不予授权。因此你们可以在专利审查过程中提出审查建议，但审查建议不是法定程序，不一定被审查员所采纳。另外还可以等授权后对其宣告无效。 不过如果申请专利的公司与你公司没有关系，目前也不能起诉，只能提建议或者提出无效宣告。
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一、本质不同专利权发明创造人或其权利受让人对特定的发明创造在一定期限内依法享有的独占实施权，是知识产权的一种。专利申请权：向专利局提出专利申请的权利。 二、特征不同 1、专利权还具有以下法律特征： （1）专利权是指人身权和财产权两种权利合一的权利。 （2）专利权由专利局授予。 （3）专利权的产生以发明成果的发表为前提。 （4）专利是实用的。专利权人不实施或者不允许别人实施其专利的，有关部门应当采取强制许可措施，充分利用其专利。 2、专利申请权： （1）主体必须具备依法取得专利权的资格。 （2）必须以一定的法律事实为根据。
申请专利的权利和专利申请权的区别如下： 1、申请专利的权利是指适用于是个人申请专利还是单位申请专利，着重点在于申请人主体地位的确定； 2、专利申请权是指申请专利后，对答辩、修改的权利，或者转让专利申请权的权利，主要是向专利局提出专利申请的权利，着重于主体地位确定后权利的行使。
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