你们并没有在劳动合同中约定过绩效工资，而是按照惯例在执行绩效工资的计算。绩效工资的计算方式，属于内部制度。如果要对此进行调整，理论上要通过民主协商的方式确定，单位不能单方面作出调整。所以，你能够证明你们之前的绩效工资惯例的话，可以通过劳动监察或劳动仲裁的方式，阻止单位对于绩效工资的制度变更，保障自己的权益。
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公司扣绩效工资可以申请劳动仲裁。 因劳动报酬发生的争议，可以申请劳动仲裁。 申请人申请仲裁应当提交书面仲裁申请，并按照被申请人人数提交副本。 仲裁申请书应当载明下列事项： （一）劳动者的姓名、性别、年龄、职业、工作单位和住所，用人单位的名称、住所和法定代表人或者主要负责人的姓名、职务； （二）仲裁请求和所根据的事实、理由； （三）证据和证据来源、证人姓名和住所。 书写仲裁申请确有困难的，可以口头申请，由劳动争议仲裁委员会记入笔录，并告知对方当事人。 劳动争议仲裁委员会收到仲裁申请之日起五日内，认为符合受理条件的，应当受理，并通知申请人；认为不符合受理条件的，应当书面通知申请人不予受理，并说明理由。对劳动争议仲裁委员会不予受理或者逾期未作出决定的，申请人可以就该劳动争议事项向人民法院提起诉讼。 劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。 一年仲裁时效，因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。 因不可抗力或者有其他正当理由，当事人不能在一年仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。 劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受一年的仲裁时效期间的限制；但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。
绩效工资一般是按照工作的要求和制定的标准进行相应的扣除，公司有权扣除但是不能随意扣除。劳动者和用人单位建立劳动关系，用人单位不得非法对劳动者进行罚款，用人单位非法克扣劳动者的工资属于违法行为，企业以罚款条数来扣绩效工资是不合法的。
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