承办人提交案件调查终结报告后，药品监督管理部门应当组织3人以上有关人员对违法行为的事实、性质、情节、社会危害程度、办案程序等进行合议，并填写《案件合议记录》(附表16)。合议应当根据认定的违法事实，依照有关药品、医疗器械管理法律、法规和规章的规定，分别提出如下处理意见：(一)违法事实清楚，证据确凿，程序合法的，依法提出行政处罚的意见，对有可以不予处罚、从轻、减轻处罚或者从重处罚情节的，提出不予处罚、从轻、减轻处罚或者从重处罚的意见，构成犯罪的，在提出行政处罚意见的同时建议移送司法机关追究刑事责任;(二)违法事实不清，证据不足，或者存在程序缺陷的，提出补充有关证据材料或者重新调查的意见;(三)违法事实不能成立的，提出撤案申请，并填写《撤案申请表》(附表17)。
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针对医疗机构销售过期药品的情形，会依法没收其因销售过期药品赚得的全部收入，并且要进行罚款，罚款的金额大小视其情节严重而定，构成犯罪的，依法追究刑事责任。
医疗机构发生医疗事故处罚如下：根据相关法律规定，医疗机构发生医疗事故的，卫生行政部门应根据医疗事故的等级和情节给予警告，情节严重的，责令限期停业整顿，直至原发证部门吊销执业许可证，对负责任的医务人员追究刑事责任，刑事处罚不够的，依法给予行政处分或纪律处分。除按以上处罚外，卫生行政部门还可责令暂停６个月以上１年以下的执业活动，情节严重的，吊销执业证书。
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