劳动者自己辞职的，如果是按照正常的辞职程序辞职的，用人单位是不能克扣其工资的，如果用人单位无故克扣其工资的，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉举报或者申请劳动仲裁。如果用人单位未及时支付工资，有两个途径可以要求支付工资：1、劳动者可以到当地劳动局劳动监察投诉；优点：方式简单。缺点：各地执法力度可能不是很大；2、可以到当地劳动局申请仲裁，要求支付工资。如果未签订劳动合同，还可以要求支付未签订劳动合同的双倍工资。如果是以拖欠工资提出的解除劳动关系，还可以要求支付经济补偿金。优点：除了工资外，还可以主张经济补偿、双倍工资等，并且一般都可以最终解决；缺点：申请劳动仲裁就是打劳动官司，程序稍多，需要专业人士指导。法律依据：各省的工资支付规定。例如：《广东省工资支付条例》第十三条用人单位与劳动者依法终止或者解除劳动关系的，应当在终止或者解除劳动关系当日结清并一次性支付劳动者工资。《山东省企业工资支付规定》第三十三条企业与劳动者依法解除、终止劳动合同的，企业应当在解除或者终止劳动合同时一次性支付劳动者应得的工资。
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不会扣工资，根据相关法律规定，劳动者离职需要提前通知用人单位，一般情况下，即使劳动者自离，用人单位也不得扣除劳动者的工资，除非因为劳动者自离给用人单位造成了损失，用人单位才可以要求劳动者赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
员工自动离职，若因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，公司可以扣工资，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%；若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
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