原劳动部《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》(劳部发〔1994〕481号)第3条规定，企业克扣或者无故拖欠劳动者工资的，以及拒不支付延长工作时间工资报酬的，除在规定的时间支付劳动者工资报酬外，还需加发相当于工资报酬25%的经济补偿金。《劳动合同法》第85条规定，企业违反工资支付义务，包括未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬，以低于当地最低工资标准支付劳动者的工资或安排加班不支付加班费的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费;劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分;逾期不支付的，责令企业按应付金额的50%-100%的标准向劳动者加付赔偿金。根据上述规定，如果企业违反了工资支付义务，除了要支付或补足劳动报酬之外，还有可能承担对劳动者民事赔偿责任，可见企业的违规成本是比较高的。依据《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。依据《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》第三条，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，以及拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的，除在规定的时间内全额支付劳动者工资报酬外，还需加发相当于工资报酬百分之二十五的经济补偿金。所以如果公司长期扣押工资不发给员工可以要求让公司立即支付拖欠的工资并支付相当于拖欠工资总额百分之二十五的经济补偿金。如果单位拒绝，可以依据《劳动法》第七十七条、第七十九条、第八十二条、第八十三条规定，自劳动争议发生之日起六十日内向劳动争议仲裁委员会提出书面申请。要求公司满足员工要求，仲裁裁决一般应在收到仲裁申请的六十日内作出。对仲裁裁决无异议的，当事人必须履行。对仲裁裁决不服的，可以自收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。如果即不在十五日内向人民法院提起诉讼，又不履行的，可以向法院申请强制执行。劳动争议发生之日也就是单位员工要求之日分公司是没有法人资格的，有些分公司尽管没有法人资格也可以在其所在地劳动局申请仲裁，有些分公司因为没有法人资格的要到其总公司注册地的劳动局申请仲裁。
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公司没有正当理由克扣工资的，职工可以采取以下方式来维护自身权益： 1、与公司协商。公司扣工资的，应当说明扣工资的理由，所依据的相关规章制度， 且相关规章制度是已经过事前公开公示，否则，公司属于无正当理由克扣工资， 属于无理的违法行为，职工可以要求公司全额支付工资及相应利息损失。 2、如协商不成的，可以到当地的劳动监察大队投诉，要求协助处理解决。 3、如仍未解决的，可以至当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁处理解决。 4、如劳动仲裁生效后，公司拒绝执行并拒付的，可以申请法院强制执行。
目前，我国的相关法律加大对劳动者合法权益的保护。在工作过程中，如果遇到用人单位无故克扣工资的情况，那么，劳动者可以向单位所在地的劳动行政部门进行投诉。劳动行政部门会依据规定，责令单位及时补足克扣的工资。此外，劳动者还可以要求用人单位作出相应的经济赔偿。如果投诉无法解决克扣工资的问题，还可以申请劳动仲裁或向法院提起诉讼。
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