具体看是什么纠纷，如果对使用权没有异议的土地纠纷，对土地确权办证并没有影响，可以直接起诉至人民法院进行判决；如果是土地使用权的争议纠纷，则需由地方国土资源行政主管部门进行调查处决后再进行确权颁证。根据《土地权属争议调查处理办法》第十四条的规定下列案件不作为争议案件受理：（一）土地侵权案件；（二）行政区域边界争议案件；（三）土地违法案件；（四）农村土地承包经营权争议案件；（五）其他不作为土地权属争议的案件。第二十条国土资源行政主管部门在调查处理争议案件时，应当审查双方当事人提供的有关证据材料：（一）人民政府颁发的确定土地权属的凭证；（二）人民政府或者主管部门批准征收、划拨、出让或者以其他方式批准使用土地的文件；（三）争议双方当事人依法达成的书面协议；（四）人民政府或者司法机关处理争议的文件或者附图；（五）其他有关证明文件。第二十一条对当事人提供的证据材料，国土资源行政主管部门应当查证属实，方可作为认定事实的依据。第二十二条在土地所有权和使用权争议解决之前，任何一方不得改变土地利用的现状。第三十一条当事人对人民政府作出的处理决定不服的，可以依法行申请政复议或者提起行政诉讼。在规定的时间内，当事人既不申请政复议，也不提起行政诉讼，处理决定即发生法律效力。生效的处理决定是土地登记的依据。
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对土地有争议的，待争议解决后再确权登记颁证。 建议双方当事人通过协商解决，也可以请求村民委员会、乡（镇）人民政府等调解解决。当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉。
土地确权发生边界纠纷，处理如下： 1、协商处理。当事人可以通过协商解决。 2、行政处理。协商不成，可由人民政府进行调解或作出行政裁决。 3、司法处理。如果当事人对人民政府的处理决定不服的，可以向人民法院起诉。
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