员工不能以怀孕为由，长期不上班，如果超过一定的期限，可以按照公司相关规定按照自动离职处理。根据我国劳动合同法的规定，女职工在孕期、产期、哺乳期的，用人单位不得解除劳动合同。除非劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；（二）严重违反用人单位的规章制度的；（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；（五）以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的，致使劳动合同无效的；（六）被依法追究刑事责任的。
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在职工怀孕期间不可以解除劳动合同。国家对弱势群体女职工的法律保护是符合实际情况的，因为一旦怀孕的女职工被非法解雇，就很难找到工作，生活来源也很难保障。因此，国家禁止用人单位在职工怀孕期间解除劳动合同。如果劳动关系被非法解除，员工也可以要求相应的赔偿。
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