部科技主管部门负责科技项目的实施和管理。在项目执行过程中，依据任务书（合同）对项目实行全过程管理，协调并处理项目执行中的重大问题；可根据实际情况，会同有关业务主管部门、地方交通运输主管部门和大型交通运输企业，对项目执行情况、组织管理、经费管理、配套条件落实以及项目预期效益等情况进行中期检查；也可聘请专家对项目进行检查或评估，提出检查或评估报告。
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为了改进和规范国家社会科学基金项目资金使用和管理，提高资金使用效益，促进我国哲学社会科学繁荣发展，根据国家财政财务管理有关法律法规和中共中央办公厅、国务院办公厅《关于进一步完善中央财政科研项目资金管理等政策的若干意见》，结合《国家社会科学基金管理办法》有关规定，修订了《国家社会科学基金项目资金管理办法》。
项资金应严格按照资金拨付程序、年度项目计划和项目进度拨付。专项资金支出预算拨款纳入财政国库集中支付的，按照国库集中支付相关规定办理。专项资金支出预算确定后，严禁随意调整预算，改变支出用途。因客观原因确需调整专项资金使用用途、变更项目内容或调整预算的，业务主管部门必须提出变更申请，并附变更政策依据和说明，按规定程序报批。专项资金应专款专用，任何单位和个人不得滞留、截留、挪用，不得用于专项资金规定使用范围以外的开支。专项资金实行专账核算。专项资金按规定实行报账制的，专项资金支出预算属政府采购目录范围的，在项目资金的预算编制和下达时均应按照政府采购的有关法律法规执行。
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