1、员工在工伤后，保留劳动关系，那么员工根据是否有伤残等级来计算赔偿。 2、依据《社会保险法》第三十八条因工伤发生的下列费用，按照国家规定从工伤保险基金中支付：（一）治疗工伤的医疗费用和康复费用；（二）住院伙食补助费；（三）到统筹地区以外就医的交通食宿费；（四）安装配置伤残辅助器具所需费用；（五）生活不能自理的，经劳动能力鉴定委员会确认的生活护理费；（六）一次性伤残补助金和一至四级伤残职工按月领取的伤残津贴；（七）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性医疗补助金；（八）因工死亡的，其遗属领取的丧葬补助金、供养亲属抚恤金和因工死亡补助金；（九）劳动能力鉴定费。第三十九条因工伤发生的下列费用，按照国家规定由用人单位支付：（一）治疗工伤期间的工资福利；（二）五级、六级伤残职工按月领取的伤残津贴；（三）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性伤残就业补助金。
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申请劳动关系认定和工伤认定是不冲突的。按照程序，应该是先申请确认劳动关系，然后进行工伤认定。 需要注意的是确认劳动关系属于仲裁委员会的范围，而工伤认定是劳动行政部门来做的。
工伤赔偿协议保留劳动关系有时间限制。职工因工作受到事故伤害或者职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，停工留薪期间，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月，经设区市劳动能力鉴定委员会确认需要适当延长的，延长期不得超过12个月。
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