按规定是公司不能全扣员工工资，要是员工工资被全扣了，那么公司也就是违规的。公司不仅不能把员工工资全扣了，每月扣减的工资的也不得超过员工当月工资的20%，并且扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。要是扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，就按最低工资标准支付。若公司违规克扣工资，可按照劳动争议解决办法处理，具体有如下：1、与用人单位就劳动纠纷问题直接进行协商。2、可自愿选择调解，主要是去找劳动纠纷调解委员会申请调解，当然还可以去法院申请调解等。注意的是，调解协议不具有强制执行力，如果一方反悔，同样还是可以向仲裁机构申请仲裁。3、去申请仲裁，将纠纷提交劳动争议仲裁委员会进行处理。4、要是你在经过劳动仲裁都不能解决你工资被扣的问题，那么现在最好就要收集相关证据积极去法院起诉。必须得先经过劳动仲裁，对仲裁裁决不服的人才能接着去法院起诉。
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员工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，用人单位需要负责，要进行工伤鉴定，确定工伤伤残程度。在停工留薪期间内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
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