诈骗罪立案后，被告人主动还款，原告撤诉，如果检察院对案件的认定，认为不具备起诉条件的，可以做出不起诉决定，否则，如果犯罪事实清楚，证据确实充分，依法应当追究刑事责任的，即使主动还款，检察院也应当起诉。人民检察院审查起诉案件，认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，按照法院审判管辖的规定，向人民法院提起公诉。认为不具备起诉条件的，应当作出不起诉决定。根据法律规定，人民检察院对案件作出不起诉决定，主要有以下几种情况：1、人民检察院经审查后认为没有犯罪事实或者依法不应追究刑事责任的，应当作出不起诉的决定。如行为人是精神病人或不满14周岁的未成年人，依照法律规定不能追究刑事责任。2、人民检察院对于退回补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉决定。3、犯罪嫌疑人有刑事诉讼法规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。刑事诉讼法第十五条规定了以下几种情形：第一，情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的。第二，犯罪已过追诉时效期限的。第三，经特赦令免除刑罚的。第四，犯罪嫌疑人、被告人死亡的。第五，其他法律规定免予追究刑事责任的。4、对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。对这种情况，可以分为两个方面，一是犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚的。这主要是指犯罪情节轻微不需要判处刑罚的，可以免予刑事处罚。另一种情况是，犯罪情节轻微，依照刑法规定应当或者可以免除处罚的，如犯罪后自首、有立功表现、犯罪未遂、犯罪中止、或属于正当防卫、紧急避险等等，刑法对这些情况分别都作了具体规定，其中有些可以免除处罚，有些应当免除处罚。
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如果符合以下撤案的情形，检察院立案后是可以撤案的： 1.情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的； 2.经特赦令免除刑罚的； 3.犯罪已过追诉时效期限的； 4.犯罪嫌疑人、被告人死亡的等。
检察机关是对司法行为进行督察的司法机关，对公安机关的立案、法院的判决等司法行为可以行使监督的权利，这是三大司法机关相互制约的一种表现。那么检察院立案后可以撤案吗?答案是肯定的。依据《刑事诉讼法》第十五条规定，有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪： (一)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的; (二)犯罪已过追诉时效期限的; (三)经特赦令免除刑罚的; (四)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的; (五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的; (六)其他法律规定免予追究刑事责任的。关于撤销案件的程序，根据立案单位的不同，有所区别。 一、如果是检察院立的案件。经审查如果符合法律的规定，属于可以不予追究刑事责任的案件，那么检察院是可以直接撤销。 二、如果是公安局立的案件，检察院可以通过向侦办公安机关提出建议撤销意见。最终由公安机关根据相关程序撤销案件。
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