用人单位扣除劳动者工资，需要具体分析，例如，用人单位代扣工资代缴的个人所得税的，属于用人单位扣除工资的正当理由。 工资薪金税前扣除标准： 国家税务总局规定，税务机关应对工资薪金进行合理性确认，具体可按5项原则掌握： 1、企业制订了较为规范的员工工资薪金制度； 2、企业所制订的工资薪金制度符合行业及地区水平； 3、企业在一定时期所发放的工资薪金是相对固定的，工资薪金的调整是有序进行的； 4、企业对实际发放的工资薪金，已依法履行了代扣代缴个人所得税义务； 5、有关工资薪金的安排，不以减少或逃避税款为目的。
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单位可以代扣劳动者的工资的情形有： 1、代缴的个人所得税。 2、代缴的应个人负担的各项社会保险费用。 3、法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费。 根据《工资支付暂行规定》第十五条规定，用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资： （１）用人单位代扣代缴的个人所得税； （２）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用； （３）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费； （４）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
扣工资违法行为如下：上班迟到，法律上允许企业针对一些员工的迟到行为扣除部分考勤工资，超出日薪的罚款额度则肯定是不合法的；产检，怀孕的女职工在工作期间进行产检，检查期间的工资要照常发放，不能按照病假、事假或者旷工折算。如果还有企业因为员工产检而进行罚款，则属于明确的违法行为；辞职，有些公司为了保证员工的留存率，会拖欠员工工资，这种行为当属违法。
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