关于新农合的报销制度，全国没有统一的规定，各地根据自己的实际情况有不同的规定。以北京市海淀区为例看一下相关规定。 (一)普通参合人员医疗费用报销政策。年度内多次住院，首次住院医疗费用超出起付线者，再次住院发生费用累计计算，按规定进行补偿。因病住院经批准转院连续住院治疗的，其住院的医药费用累计计算，按规定进行报销，每月结报一次。恶性肿瘤进行放、化疗、肾透析，肝、肾移植(或肝肾联合移植)术后服用抗排异药及儿童再生障碍性贫血和血友病所发生的特殊病种门诊费用，每月结报一次。年度内多次门诊，门诊累积医疗费用超出起付线者，按规定进行报销，具体报销时限由各乡镇自行制定。镇(乡)新型农村合作医疗经办机构每月的1日至20日内向海淀区新型农村合作医疗管理中心申请复审结算。对于当年12月份发生的医疗费用单据应最迟在次年1月20日前向海淀区新型农村合作医疗管理中心进行申请复审结算。跨年度连续住院的费用，当年12月31日以前含(31日)发生的住院医疗费用和自下一年起发生的住院医疗费用分别进行结算。根据各年度实际缴费情况予以补偿。对于跨年度结算的一次住院费用只计算一次起起付线。 (二)两类特殊人群住院医疗费用补偿政策和流程。 (1)参合农民参加其他商业医疗保险，如先由商业医疗保险按照其标准支付补偿款的，参合患者须向镇(乡)合管办提供商业保险分割单和住院医疗费用全部票据复印件进行报销。若先由新型农村合作医疗报销的，由新农合出具费用分割单，再到商业医疗保险公司报销。新型农村合作医疗补偿款和商业医疗保险补偿款总额不应超过所发生住院医疗总费用。 (2)参加新农合的优抚对象，首先由民政局按照有关政策进行报销，参合患者须向镇(乡)合管办提供民政局出具的优抚对象新型农村合作医疗报销介绍信，新型农村合作医疗对优抚对象经民政局报销后的剩余金额部门按照新农合标准进行报销。
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减免税申请人按照有关进出口税收优惠政策的规定申请减免税进出口相关货物，应当在货物申报进出口前，取得相关政策规定的享受进出口税收优惠政策资格的证明材料，并凭规定材料向主管海关申请办理减免税审核确认手续。
慢性的病门诊报销政策，以无锡市为例： 一、保障病种糖尿病、高血压（2级、3级）、恶性肿瘤、慢性肝炎（甲肝除外）、脑卒中（含脑梗塞、脑出血以及脑血管意外后遗症）、慢性肾炎（含慢性肾功能不全）、系统性红斑狼疮、肺结核（活动期）、慢性阻塞性肺疾病（含慢性支气管炎、肺气肿、支气管哮喘）、慢性呼吸衰竭、肝硬化、类风湿性关节炎、冠心病（心绞痛、心肌梗塞）、心肌病（扩张型、肥厚型）、风湿性心脏病、慢性心力衰竭、帕金森病以及帕金森综合征、强直性脊柱炎、癫痫、硬皮病（系统性硬化症）、重症肌无力、甲状腺功能亢进（原发性）、炎症性肠病（溃疡性结肠炎、克罗恩病）、运动神经元病 （MND）、特发性炎症性肌病（指多发性肌炎及皮肤炎）、慢性炎症性脱髓鞘性多发性神经病（慢性格林巴利）。以下简称慢性病种。 二、保障范围对患有慢性病种的职工医保参保人员，发生的符合基本医保保障范围的药品和诊疗项目费用给予相应的保障。 三、保障水平对慢性病种患者发生的合规医疗费用，职工医保个人账户用完后，在职人员个人自付满500元以上部分，由基金支付70%，年度基金最高支付限额为3500元；退休人员个人自付满300元以上部分，由基金支付85%，年度基金最高支付限额为4000元。同时患有两种（含）以上慢性病种的参保人员，年度内基金最高支付限额提高1000元。
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