不合法。关于旷工扣款这个要看公司规章制度是如何规定的，每个单位情况不一样，以实际情况为准。而且规章制度必须经过了民主程序，必须公示。劳动法和劳动合同法都没有对旷工行为如何处理的规定，只是规定对员工违反企业规章制度的违纪行为企业有权做出相应的处理，单位的规章制度要经过民主程序进行公示，而且必须是合法有效并且已经送达给员工的，这样才有效。规章制度对旷工行为概念和发生旷工有明确规定的，按具体的处理规定结合员工的实际旷工行为进行处理。关于违约金和罚金的问题，首先从2008年1月1日后除了培训费和竞业禁止或给单位造成直接经济损失外员工不承担其他违约责任。还有罚金的问题首先针对旷工当日的工资单位依法不予发放，但是额外扣的罚款就没有依据了。所以综上所述，单位有权决定扣款标准，但是那个旷工每天算三天，额外扣20%是不合法的，只能对旷工当日的工资不予发放，除此之外的扣罚就是没有法律依据的。
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用人单位拖欠克扣劳动者的工资，劳动者有3个法律途径可以要求支付工资： 1、劳动者可以到当地人力资源和社会保障局电话12333劳动监察部门投诉，要求责令用人单位支付给劳动者足额的工资; 2、可以到当地人力资源和社会保障局劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求判决用人单位支付给劳动者足额的工资。 3、有拖欠工资的欠条(或者：调解书、还款协议，等等)的，可以直接起诉到法院，要求法院判决用人单位(各种大小企业、公司、各种单位、私人老板、等等)支付欠条(调解书、还款协议，等等)里的钱款数额。
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