备案步骤如下：第一步：办理“两店一年”证明。2007年5月1日以后从事商业特许经营活动的，持公司总部法人营业执照，2个经营时间在1年以上的直营店的营业执照和验资报告等证明材料，到总部所在地设区的市或州商务局开具符合《条例》第七条第二款规定，即俗称“两店一年”的证明。第二步：获取登录号。携带相关备案材料的原件和复印件到备案机关进行资质审查，经审查合格后，原件退还备案企业，复印件由备案机关留存归档，同时，获取进入《商业特许经营信息管理系统》的登录号和登录密码(详见第六条备案登录号获取方式及所需材料)；第三步：登录系统。在获取登录号和密码以后进入《商业特许经营信息管理系统》首页，在页面左上角的企业登录框中输入“用户名”、“密码”和“验证码”点击“登录”即可进入企业申报页面；第四步：修改密码。如第一次登录系统，为了保证用户的资料安全，系统会自动要求用户修改密码，点击保存自动退出系统；第五步：填报备案资料。再次进入系统，按照系统申报首页的五项内容要求进行填报，所有备案资料填写完毕后，点击预览及申报，在此界面，备案企业可以看到所填报的资料，经核实无误后，点击“申报备案”，即可把备案信息传到备案机关进行网上备案审核。所需材料如下：企业法人营业执照原件(副本和年检证明)、复印件；(2)企业法定代表人身份证原件、复印件；(3)与特许经营相关的商标权、专利权及其它经营资源的注册证书原件及复印件，(4)国家法律法规规定经批准方可开展特许经营的产品(汽车、书报杂志、药品、农药、农膜、原油、成品油、化肥、音像制品、粮食、植物油、食糖、烟草、棉花)和服务，须提交相关主管部门的批准文件的原件及复印件；(5)首次订立的特许经营合同原件和复印件，现在使用的特许经营合同样本；(6)经法定代表人签字盖章的特许人承诺书(见附件)；(7)填报商业特许经营基本情况表、特许人中国境内全部直营店铺情况表、特许人中国境内全部加盟店铺情况表、市场计划书(见附件)；(8)企业操作手册或运营手册、管理手册。
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经营部开发票时凭发票领购簿核准的种类、数量以及购票方式，向主管税务机关领购发票。纳税人应提供资料：发票购领簿、税控IC卡（税控机打发票使用）、财务专用章或发票专用章、已用发票存根。发票必须具备的要素是根据议定条件由购买方向出售方付款，必须包含日期和数量，是会计账务的重要凭证。
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