商品房确权纠纷案是属于财产案件，对于财产案件法院是按比例收取案件受理费的，就是你那40平方米的房屋的价值就是财产的标的，收取标准是： 1.不超过1万元的，每件交纳50元； 2.超过1万元至10万元的部分，按照2.5％交纳； 3.超过10万元至20万元的部分，按照2％交纳； 4.超过20万元至50万元的部分，按照1.5％交纳； 5.超过50万元至100万元的部分，按照1％交纳； 6.超过100万元至200万元的部分，按照0.9％交纳； 7.超过200万元至500万元的部分，按照0.8％交纳； 8.超过500万元至1000万元的部分，按照0.7％交纳； 9.超过1000万元至2000万元的部分，按照0.6％交纳； 10.超过2000万元的部分，按照0.5％交纳。
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如果是单纯的房屋权属确认之诉、不涉及给付内容的：应属于不涉及财产纠纷的非财产案件，诉讼费应按件收取、而不是按诉讼标的额(实际上也没有标的额)收取，每件收取50至100元。诉讼分为三类：一是给付之诉;二是确认之诉;三是变更之诉.侵权案件虽也有属于确认之诉，但因为涉及侵权赔偿的给付问题，《诉讼费交纳办法》特别规定为涉财案件，按标的额收取诉讼费，但房屋仅是权属确认时，应不属于涉及财产给付的财产案件。如果房屋权属确认后、分割房产时：属于涉及财产案件，应按标的额收取诉讼费用。房屋确权纠纷一般是案件难易程序和标的大小来计算的诉讼费的，按规定确权诉讼也只能按件收费，但有些当事以确权为由少交诉讼费，因此很多法院按标的物价值比例收费。
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