食用农产品质量安全风险监测和风险评估由县级以上人民政府农业行政部门依照《中华人民共和国农产品质量安全法》的规定进行。国境口岸食品的监督管理由出入境检验检疫机构依照食品安全法和本条例以及有关法律、行政法规的规定实施。食品药品监督管理部门对声称具有特定保健功能的食品实行严格监管，具体办法由国务院另行制定。
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卫生计生、食品药品监督管理、质量监督、农业等部门分别负责食品安全监管有关工作。食品药品监督管理、质量监督、农业等部门在监督管理工作中发现需要开展食品安全风险评估情形的，应当向卫生计生部门提出食品安全风险评估的建议，并提供风险来源、相关检验数据和结论等信息、资料。卫生计生部门应当及时进行食品安全风险评估，并向食品药品监督管理、质量监督、农业等部门通报食品安全风险评估结果，以便有关部门及时了解后续情况，实现各部门的食品安全风险信息共享，更好地沟通协调有关部门的具体监管工作，发挥食品安全风险评估的科学管理作用，确保食品安全。
由卫生部牵头建立食品安全综合协调机制，负责食品安全综合监督;农业部负责农产品生产环节的监管;国家质检总局负责食品生产加工环节和进出口食品安全的监管;国家工商总局负责食品流通环节的监管;国家药监局负责餐饮业、食堂等消费环节食品安全监管;同时，卫生部还要承担食品安全综合协调、组织查处食品安全重大事故的责任。
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