食用农产品质量安全风险监测和风险评估由县级以上人民政府农业行政部门依照《中华人民共和国农产品质量安全法》的规定进行。国境口岸食品的监督管理由出入境检验检疫机构依照食品安全法和本条例以及有关法律、行政法规的规定实施。食品药品监督管理部门对声称具有特定保健功能的食品实行严格监管，具体办法由国务院另行制定。
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县级以上人民政府食品药品监督管理部门负责对餐饮服务环节进行监管。卫生部牵头建立食品安全综合协调机制，负责食品安全综合监督;农业部负责农产品生产环节的监管;国家质检总局负责食品生产加工环节和进出口食品安全的监管;国家工商总局负责食品流通环节的监管;国家药监局负责餐饮业、食堂等消费环节食品安全监管;同时，卫生部还要承担食品安全综合协调、组织查处食品安全重大事故的责任。食品安全委员会办公室、工业和信息化部、公安部、商务部、国家食品药品监督管理局等也有相关职责，如生猪屠宰归商务部管。
食品安全监管分为3个层级。 首先，国务院设立食品安全委员会。 其次，国务院卫生行政部门承担食品安全综合协调职责，负责食品安全风险评估、食品安全标准制定、食品安全信息公布、食品检验机构的资质认定条件和检验规范的制定，组织查处食品安全重大事故； 国务院质量监督、工商行政管理和国家食品药品监督管理部门依照食品安全法和国务院规定的职责，分别对食品生产、食品流通、餐饮服务活动实施监督管理。 再其次，县级以上地方人民政府统一负责、领导、组织、协调本行政区域的食品安全监督管理工作，建立健全食品安全全程监督管理的工作机制； 统一领导、指挥食品安全突发事件应对工作；完善、落实食品安全监督管理责任制，对食品安全监督管理部门进行评议、考核。
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