考虑到“小产权房”仍然在市场上流转的现实，其征收拆迁补偿，一方面应该根据其市场价和区位差价，采用城市房屋拆迁估价办法计算；另一方面也要考虑到其集体建设用地的性质，在没有完全缴纳土地出让金和相关房产税费的前提下（虽然购房者的房价中还是会包括集体土地使用权的价金），应该参考当地农民住宅拆迁办法，对其补偿范围请求予以一定限制，比如北京宋庄“小产权房”纠纷最终的调解结果约定，如遇房屋拆迁，地上物补偿款、搬迁费用、区位补偿款等归房主所有，土地补偿款归售房农民所有。 补偿标准，应当尊重购房者的财产权益，建立公平补偿的标准和利益分享机制。虽然集体土地使用权本身很难估价，但我们认为可以区分征收房屋的原用途是住宅还是商业用房，同时考虑征用后是公益使用还是商业使用，进行相应的拆迁补偿。对于“小产权房”的补偿方式，是实行货币补偿还是房屋产权调换。我们认为可以给予被拆迁人选择权，而且由于“小产权房”往往处于城乡交界地段，货币补偿时更应该采用市场比较法，可以征收为国有土地后使用权出让价格为间接标准，进行房屋估价补偿。
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买小产权房和大产权房是一样碰到拆迁国家一样有补贴的，但是小产权房是没有合法的不动产登记证书的，若涉及拆迁安置，各地做法也不一，建议积极与拆迁人协调处理。
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