《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发〔2000〕187号）规定，购货方与销售方存在真实的交易，销售方使用的是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的专用发票，专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符，且没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的，对购货方不以偷税或者骗取出口退税论处。但应按有关法规不予抵扣进项税款或者不予出口退税；购货方已经抵扣的进项税款或者取得的出口退税，应依法追缴。购货方能够重新从销售方取得防伪税控系统开出的合法、有效专用发票的，或者取得手工开出的合法、有效专用发票且取得了销售方所在地税务机关或者正在依法对销售方虚开专用发票行为进行查处证明的，购货方所在地税务机关应依法准予抵扣进项税款或者出口退税。《发票管理办法》第二十一条规定，不符合规定的发票，不得作为财务报销凭证，任何单位和个人有权拒收。综合上述规定，企业善意取得虚开的增值税专用发票的相关费用或货物成本，不得在税前扣除；但如果能重新按规定取得增值税专用发票，其相关的费用或货物成本，可在税前扣除。
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合同金额与发票金额不一致，应以实际金额为准。一般情况下，合同金额和发票金额必须是一致的。合同金额高出发票金额，涉嫌偷税漏税合同金额低于发票金额，涉嫌虚开发票。
付款金额与收到发票金额不一致，如果不再结算了，则盈余作为无法支付的应付款计入营业外收入，亏空作为无法收回的预付款计入营业外支出。 如果以后还需要清算，则计入往来科目。开票方(收款方)优惠，不计零头，但不愿做返利开红票手续。 报销人让开票方故意多开，以便报销时可以虚报。账务处理时，应该按实际付款金额入账，发票金额大于付款金额的，不受影响。发票金额小于付款金额的，应该补足发票。
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