《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发〔2000〕187号）规定，购货方与销售方存在真实的交易，销售方使用的是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的专用发票，专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符，且没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的，对购货方不以偷税或者骗取出口退税论处。但应按有关法规不予抵扣进项税款或者不予出口退税；购货方已经抵扣的进项税款或者取得的出口退税，应依法追缴。购货方能够重新从销售方取得防伪税控系统开出的合法、有效专用发票的，或者取得手工开出的合法、有效专用发票且取得了销售方所在地税务机关或者正在依法对销售方虚开专用发票行为进行查处证明的，购货方所在地税务机关应依法准予抵扣进项税款或者出口退税。《发票管理办法》第二十一条规定，不符合规定的发票，不得作为财务报销凭证，任何单位和个人有权拒收。综合上述规定，企业善意取得虚开的增值税专用发票的相关费用或货物成本，不得在税前扣除；但如果能重新按规定取得增值税专用发票，其相关的费用或货物成本，可在税前扣除。
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销项税额和进项税额抵扣要依据具体的情况去处理。进项税额与销项税额抵扣：增值税应纳税额=销项税额—进项税额。销项税额大于进项税额，结转增值税的分录是：借：应交税费—应交增值税；贷：应交税费—应交增值税，应交税费—应交增值税。增值税抵扣：应交的税费=销项税-进项税。
开具发票是税法规定的开票方必须承担的法定义务，如存在应当开具而未开具发票情形的，付款方可向税务机关申请解决，由税务机关按照相关规定处理。
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