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经济适用房分两种，经济适用房管理的房子，一般就是集资建房或者是回迁房，也就是常说的二类经济适用房，交易的时候买方出3%的土地出让金。另外一种就是经济适用房立项的房子，回迁后不是按照回迁房给的，而是按照商品房处理的，所以商品房不用交出让金。主房保障面积以内需补交金额=（同地段出让土地普通商品住房市场评估确认单价-原购买经济适用住房单价）×经济适用住房已享受面积×50%；主房保障面积以外需补交的土地出让金按补办出让时点的出让和划拨两种用地性质市场评估价的差价全额补交。
国土房管局出台补充规定，经济适用房上市要补交3％土地出让金。土地出让金是指各级政府土地管理部门将土地使用权出让给土地使用者，按规定向受让人收取的土地出让的全部价款（指土地出让的交易总额），或土地使用期满，土地使用者需要续期而向土地管理部门缴纳的续期土地出让价款，或原通过行政划拨获得土地使用权的土地使用者，将土地使用权有偿转让、出租、抵押、作价入股和投资，按规定补交的土地出让价款。
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