具体补交土地出让金的计算方法应按现在时点新的土地利用条件的土地市场评估价格扣除现在时点的原土地利用条件的土地评估市场价格差额部分补交土地出让金。因为土地市场随着时间的变化会有增值和贬值的情况，所以补交土地出让金时的地价应按照当前市场条件下容积率变化前后的地价进行计算，这样既可以保证国有资产不流失，也可以保证本身的利益不受侵害。具体计算公式如下：补交土地出让金=改变容积率后缴纳的土地出让金—原容积率下缴纳的土地出让金改变容积率后缴纳的土地出让金=改变容积率后土地总价×土地出让金缴纳比例原容积率下缴纳的土地出让金=原容积率土地总价×土地出让金缴纳比例这里所指的土地总价都是指当前时点的土地价格。
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一、有实际成交价的，且不低于所在级别基准地价平均标准的按成交价不低于40%的标准计算出让金，若成交价低于基准地价平均标准的，则依照全部地价40%计算。 二、发生转让的划拨土地使用权补办出让时，按基准地价平均标准的40%计算。 三、通过以上方式计算的土地出让金数额，土地使用权受让人有异议的，由受让人委托有资质的土地估价机构进行评估，按评估价的40%计算土地出让金。 四、划拨土地使用权成本价格占土地价格的最高比例不得高于60%，在以划拨土地使用权价格计算出让金时，必须将成本价格换算成市场土地价格，再按不低于40%的标准计算土地出让金。
《中华人民共和国土地管理法》对土地出让金作出了明确的规定，具体如下： 一、有实际成交价的，且不低于所在级别基准地价平均标准的按成交价不低于40%的标准计算出让金，若成交价低于基准地价平均标准的，则依照全部地价40%计算。 二、发生转让的划拨土地使用权补办出让时，按基准地价平均标准的40%计算。
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