法人或者其他组织申请设立司法鉴定机构，应当向所在地设区的市人民政府司法行政部门申请并提交相关材料。受理申请的部门应当自受理之日起二十日内进行审查，将审查意见和全部申请材料直接报送省人民政府司法行政部门。省人民政府司法行政部门应当自收到报送材料之日起二十日内予以审核，作出是否准予登记的决定，准予登记的，自作出决定之日起十日内向申请人颁发《司法鉴定许可证》；不准予登记的，书面通知申请人并说明理由。司法行政部门组织专家对申请人的仪器、设备、执业场所和检测实验室进行评审，所需时间不计算在前款规定的期限内。
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司法鉴定申请流程： (1)委托： 1、机构接受司法机关、仲裁机构的司法鉴定委托。 2、在诉讼案件中，在当事人负有举证责任的情况下，机构也可以接受当事人的司法鉴定委托。当事人委托时一般通过律师事务所进行。 (2)受理：机构收到委托书后，应对委托人的委托事项进行审核，对于符合受理条件的，机构应当与委托人签订《司法鉴定委托书》。 (3)进行鉴定：司法鉴定机构接受委托后，由机构指定的司法鉴定人、或者由委托人申请并经机构同意的司法鉴定人完成委托事项。
医疗事故鉴定可以直接向医疗机构或者医务人员所属的当地所属医学会申请；也可以向当地所属的有关卫生部门申请鉴定；或者还可以向法院起诉，然后由法院委托鉴定机构进行鉴定。
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