关于新农合的报销制度，全国没有统一的规定，各地根据自己的实际情况有不同的规定。以北京市海淀区为例看一下相关规定。 (一)普通参合人员医疗费用报销政策。年度内多次住院，首次住院医疗费用超出起付线者，再次住院发生费用累计计算，按规定进行补偿。因病住院经批准转院连续住院治疗的，其住院的医药费用累计计算，按规定进行报销，每月结报一次。恶性肿瘤进行放、化疗、肾透析，肝、肾移植(或肝肾联合移植)术后服用抗排异药及儿童再生障碍性贫血和血友病所发生的特殊病种门诊费用，每月结报一次。年度内多次门诊，门诊累积医疗费用超出起付线者，按规定进行报销，具体报销时限由各乡镇自行制定。镇(乡)新型农村合作医疗经办机构每月的1日至20日内向海淀区新型农村合作医疗管理中心申请复审结算。对于当年12月份发生的医疗费用单据应最迟在次年1月20日前向海淀区新型农村合作医疗管理中心进行申请复审结算。跨年度连续住院的费用，当年12月31日以前含(31日)发生的住院医疗费用和自下一年起发生的住院医疗费用分别进行结算。根据各年度实际缴费情况予以补偿。对于跨年度结算的一次住院费用只计算一次起起付线。 (二)两类特殊人群住院医疗费用补偿政策和流程。 (1)参合农民参加其他商业医疗保险，如先由商业医疗保险按照其标准支付补偿款的，参合患者须向镇(乡)合管办提供商业保险分割单和住院医疗费用全部票据复印件进行报销。若先由新型农村合作医疗报销的，由新农合出具费用分割单，再到商业医疗保险公司报销。新型农村合作医疗补偿款和商业医疗保险补偿款总额不应超过所发生住院医疗总费用。 (2)参加新农合的优抚对象，首先由民政局按照有关政策进行报销，参合患者须向镇(乡)合管办提供民政局出具的优抚对象新型农村合作医疗报销介绍信，新型农村合作医疗对优抚对象经民政局报销后的剩余金额部门按照新农合标准进行报销。
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农合报销需要门诊发票、合作医疗证明。住院报销携带的数据：住院发票、合作医疗证明、费用明细表、出院汇总表等相关证明。门诊特殊疾病报销携带信息：门诊发票、特殊疾病合作医疗证明历史。携带特殊疾病信息：特殊疾病门诊治疗方案、合作医疗证明、病历、相关检测报告及照片2张。参保户将报销所需资料备齐后交村合作医疗联络员，由村合作医疗联络员审核后报镇合作医疗联络员，再由镇联络员送区农易办结报中心进行报销。现在只要是在农民生病住院之后产生的医疗费、手术费、检查费、化验费都可以通过新农合进行报销，当然化验费里面也含有心电图、X光、 CT、核磁共振这些。国家针对超过60岁以上的生病，住院者会给予一定的补贴金额，这个补贴金额就是在住院期间之内，每天10元的方式补助给住院者。这也说明国家在一直解决农民看病和看病贵的问题。
农合报销需要的手续是：参保户将报销所需资料备齐后交村合作医疗联络员，由村合作医疗联络员审核后报镇合作医疗联络员，由镇联络员送区农易办结报中心进行报销。
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