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分为两种不同情况： 一、小产权房的性质是属于履行了审批手续的房屋，但是集体经济组织在安置本集体村民过程中擅自扩大了销售对象。由于根据现行法律和政策，非本集体经济组织的成员，不得购买在集体所有的土地上建设的房屋，因此买卖合同归于无效。在此情况下，应首先认定所涉房屋的所有权是属于农村集体经济组织所有，或者属于宅基地使用人所有，拆迁安置补偿的利益，只能由所有权人即集体经济组织及其成员享有。 二、小产权房是属于违法建筑。对于这种情况，根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第第二十四条 “市、县级人民政府及其有关部门应当依法加强对建设活动的监督管理，对违反城乡规划进行建设的，依法予以处理。市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿；对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。”的规定。若涉及赔偿，但标准和持国有土地使用证住房会有很大的差别。国有使用证的取得费用中包含了土地出让金,其中包含有征地补偿费、安置补助费、地上附着物补偿、国土收益等。在政府拆迁中会将这部门费用根据使用年限计算,而小产权房遇到补偿时只会支付征地补偿费和安置补偿费,且这个费用很大一部分要归集体经济组织所有。而房产补偿(也就是附着物补偿)适用标准也不同于国有证住房。
各项征地补偿费用的具体标准、金额由市、县政府依法批准的征地补偿安置方案规定。土地被征用前3年平均年产值的确定（有关土地补偿费、安置补助费的补偿标准）：按当地统计部门审定的最基层单位统计年报和经物价部门认可的单价为准。按规定支付的土地补偿费、安置补助费尚不能使需要安置的农民保持原有生活水平的，可增加安置补助费。
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