依照和《医疗事故处理条例》同日起实施的配套文件《医疗事故技术鉴定暂行办法》规定，由医疗事故争议双方当事人协商解决医疗事故争议。需要进行技术鉴定的，应共同书面委托医疗机构所在地负责首次鉴定工作的医学会进行鉴定。县级以上地方人民政府卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告或者医疗事故争议当事人要求处理医疗事故争议的申请后，对需要进行技术鉴定的医疗事故，应当书面移交负责首次鉴定工作的医学会组织鉴定。协商解决医疗事故争议涉及多个医疗机构的，应当由涉及的所有医疗机构与患者共同委托其中任何一所医疗机构所在地负责组织首次鉴定工作的医学会进行鉴定；医疗事故争议涉及多个医疗机构，当事人申请卫生行政部门处理的，只可以向其中一所医疗机构所在地卫生行政部门提出处理申请。有以下六种情况之一的医疗事故，医学会不予受理技术鉴定： 1、当事人一方直接向医学会提出鉴定申请的； 2、医疗事故争议涉及多个医疗机构，其中一所医疗机构所在地的医学会已经受理的； 3、医疗事故争议已经人民法院调解达成协议或判决的； 4、当事人已向人民法院提起民事诉讼的（司法机关委托的除外）； 5、非法行医造成患者身体健康损害的； 6、卫生部规定的其他情形。《医疗事故处理条例》规定，设区的市级地方医学会和省、自治区、直辖市直接管辖的县（市）地方医学会负责组织首次医疗事故技术鉴定工作，省、自治区、直辖市地方医学会负责组织再次鉴定工作，必要时，中华医学会可以组织疑难、复杂并在全国有重大影响的医疗事故争议的技术鉴定工作。医疗事故争议双方当事人都同意做鉴定时，可直接由医学会组织专家做医疗事故技术鉴定；当事人有一方不同意的，要求鉴定的一方可通过卫生行政部门（一般是卫生局医政处）要求医疗事故技术鉴定，医政处审核后认为需要做鉴定的就移交医学会；另外，法院可直接将案件中涉及的医疗事故争议委托医学会鉴定。
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第一种方式：由医患双方自行协商达成协议，没有特定的第三人参加。这种协商简单明了，但容易造成矛盾激化，往往达成协议后双方再起争端。 第二种方式：卫生行政部门主持达成调解协议。这种办法由当事人一方或者双方向卫生行政机关提出申请，在行政机关的主持下，双方达成协议。从目前情况看，这种办法能及时平息事态，稳定双方的情绪。 第三种方式：当争议进入诉讼程序后，可由人民法院主持双方调解达成协议。该协议一经送达立即生效，具有强制执行力，并不得上诉。它的好处是法律效力高，规范性强。但医患双方要经历较长的时间。
医疗事故争议发生后可以通过以下方式解决： 1.和解。发生医疗纠纷后，患方和院方可本着平等自愿的原则，在充分协商的基础上达成和解协议，和解协议的效力应予以认定。 2.调解。已确定为医疗事故的，卫生行政部门应医疗事故争议双方当事人请求，可以进行医疗事故赔偿调解。经调解，双方当事人就赔偿数额达成协议的，制作调解书，双方当事人应当履行;调解不成或者经调解达成协议后一方反悔的，卫生行政部门不再调解。 3.诉讼。在诉讼之前，当事人可以进行医疗事故鉴定或者医疗过错鉴定，医疗事故鉴定由医学会鉴定，医疗过错鉴定由司法鉴定中心鉴定。进行鉴定并不是医疗纠纷诉讼的法定前置程序。
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