如果是因为劳动者的离职给公司造成了一定的损失，公司是可以从劳动者的工资中扣除一定的金额作为赔偿的，但是公司在员工自动离职不发放工资是不合法的。 给用人单位工作，有两个途径可以要求支付工资： 1、劳动者可以到当地劳动局劳动监察投诉；优点：方式简单。缺点：各地执法力度可能不是很大； 2、可以到当地劳动局（人力资源和社会保障局劳动争议仲裁委员会）申请仲裁，要求支付工资。如果未签订劳动合同，可以要求支付未签订劳动合同的双倍工资。如果是以拖欠工资提出的解除劳动关系，还可以要求支付经济补偿金。优点：除了工资外，还可以主张经济补偿、双倍工资等，并且一般都可以最终解决；缺点：申请劳动仲裁就是打劳动官司，程序稍多，需要专业人士指导。
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劳动者和用人单位解除劳动关系，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。实践中，劳动双方协商一致，可以在下一次工资发放日统一发放。
根据《劳动法》的规定，劳动者有获得劳动报酬的权利，在劳动者向用人单位提供了劳动之后，用人单位就有义务按照约定向其支付工资。对于自动离职的劳动者，用人单位可结算工资至其最后工作日，此后未出勤提供劳动的，可以不支付工资。但是根据法律规定，劳动者提出离职应当提前30天书面通知用人单位，因未提前通知而直接离职给单位造成直接经济损失的，劳动者需要承担赔偿责任。
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