根据我国税法规定，单位为个人缴付和个人缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金，可以从纳税义务人的应纳税所得额中扣除。目前，上述“三险一金”由企业和个人共同缴付，因此对于单位按照规定的缴费比例实际缴付的，免征个人所得税;个人按照规定缴费比例或办法实际缴付的，允许在个人应纳税所得额中扣除。简而言之，个人在取得单位发放的工资薪金所得时，其收入额中就不需包含单位缴付的部分，而个人从当月工资中缴付的个人缴费部分，则允许从应税收入中扣除。如某人单位和个人各按规定缴付基本养老保险560元、320元，11月实发工资4000元(不含单位缴付的基本养老560元)，则扣除后的收入为3680元。 值得注意的是，允许免税和税前扣除的“三险一金”是有规定标准的，对于超过标准缴付的部分，需并入职工的当月工资薪金中合并纳税。一方面，扣缴义务人在扣缴纳税申报时，对单位缴存的“三险一金”，如果计入了工资单发放总额，就可以在规定比例和标准范围内扣除;但企业通常的简便做法是，直接不将该部分计入工资单发放总额，因此在计算缴纳个人所得税时，也不能再次重复扣除。 另一方面，对于扣除标准，“三险”的规定是其缴费基数为员工上月工资总额，缴费比率为“基本养老保险”单位14%(非深户13%)、个人8%，“基本医疗保险”单位6.2%、个人2%，“失业保险”单位1%、个人1%。而住房公积金的扣除标准则相对复杂，其缴费基数为员工上一年度月平均工资，且该平均工资不能超过我市上一年度职工月平均工资的3倍，缴费比例则为该基数的12%，即上述3倍、12%的两个标准都不能超过。如我市公布的上一年度职工月均工资的3倍为15654.8元，某人上年度月平均工资收入20000元，缴存比例为15%，则其实际缴存的住房公积金为20000×15%=3000元，缴存基数与扣缴比例均超过标准，则准予扣除的住房公积金为15654.8×12%=1878.6元。而若缴存比例为10%，则其实际缴存的住房公积金为20000×10%=2000元，但其缴存基数超过了规定标准，故可准予扣除的住房公积金为15654.8×10%=1565.5元。
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不给员工纳税，公司做的是代扣代缴员工个人所得税。且只有这一个税种由公司为员工代扣缴。代扣代缴个人所得税，在员工发放工资的时候，由公司财务部门根据人事部门出具的收入表、保险费、公积金扣款等信息以及当月应交个人所得税，编制会计凭证，个人所得税以“应交税金-应交个人所得税”贷方发生的形式入账。
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