医院实行成本核算，包括医疗成本核算和药品成本核算。成本费用分为直接费用和间接费用。（一）直接费用，即医院在开展业务活动中可以直接计入医疗支出或药品支出的费用。包括医疗科室和药品部门开支的基本工资、补助工资、其他工资、职工福利费、社会保障费、公务费、业务费、卫生材料费、药品费、修缮费、购置费和其他费用。辅助科室中能明确为医疗或药品服务的科室或班组的费用支出，如一般医院的营养食堂、洗衣房等的支出，基本上是为医疗业务服务的，可直接计入医疗支出。提取修购基金应按固定资产使用部门分别计入医疗支出、药品支出。（二）间接费用，即不能直接计入医疗支出或药品支出的管理费用。包括医院行政管理部门和后勤部门发生的各项支出，以及职工教育费、咨询诉讼费、坏账准备、科研费、报刊杂志费、租赁费、无形资产摊销、利息支出、银行手续费、汇兑损益等。间接费用按医疗科室和药品部门的人员比例进行分摊，并按支出明细项目逐项进行分配。
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基本医疗保险结算方法如下： 1、门诊大病(第一类)综合医疗保险门诊、定点零售药店一般基本医疗费用和地方补充医疗费用按服务项目结算； 2、住院医疗保险、农民工医疗保险门诊基本医疗费用按绑定参保人数定额包干； 3、门诊大型医疗设备检查和治疗费用按核定的门诊次均费用偿付标准结算； 4、门诊血透基本医疗费用和地方补充医疗费用按有关协议规定的费用偿付标准总额结算； 5、生育医疗保险参保人产前检查的基本医疗费用按服务项目结算； 6、一般住院基本医疗费用和地方补充医疗费用按服务单元并结合住院门诊人次比标准结算； 7、部分病种或治疗项目的住院基本医疗费用和地方补充医疗费用按病种费用偿付标准结算； 8、长期住院的精神分裂症病人的住院基本医疗费用和地方补充医疗费用按年度包干结算。
根据相关法律规定，双方当事人共同委托医疗事故技术鉴定的，由双方当事人协商预先缴纳鉴定费。 卫生行政部门移交进行医疗事故技术鉴定的，由提出医疗事故争议处理的当事人预先缴纳鉴定费。经鉴定属于医疗事故的，鉴定费由医疗机构支付;经鉴定不属于医疗事故的，鉴定费由提出医疗事故争议处理申请的当事人支付。 县级以上地方人民政府卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告后，对需要移交医学会进行医疗事故技术鉴定的，鉴定费由医疗机构支付。
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