医院实行成本核算，包括医疗成本核算和药品成本核算。成本费用分为直接费用和间接费用。（一）直接费用，即医院在开展业务活动中可以直接计入医疗支出或药品支出的费用。包括医疗科室和药品部门开支的基本工资、补助工资、其他工资、职工福利费、社会保障费、公务费、业务费、卫生材料费、药品费、修缮费、购置费和其他费用。辅助科室中能明确为医疗或药品服务的科室或班组的费用支出，如一般医院的营养食堂、洗衣房等的支出，基本上是为医疗业务服务的，可直接计入医疗支出。提取修购基金应按固定资产使用部门分别计入医疗支出、药品支出。（二）间接费用，即不能直接计入医疗支出或药品支出的管理费用。包括医院行政管理部门和后勤部门发生的各项支出，以及职工教育费、咨询诉讼费、坏账准备、科研费、报刊杂志费、租赁费、无形资产摊销、利息支出、银行手续费、汇兑损益等。间接费用按医疗科室和药品部门的人员比例进行分摊，并按支出明细项目逐项进行分配。
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成本核算三同步是同步规划，同步组织实施，同步运产。三同步：企业在考虑自身经济发展、体制改革和技术改造时，应与安全生产同步规划、组织实施和运营。安全工作的五同时原则。是指企业生产组织领导在规划、安排、检查、总结、评价生产工作的同时，要求安全工作落实到每一个生产组织管理环节。这是解决生产管理安全与生产统一的重要原则。
所谓基本医疗保障是指保证职工在患病时能得到目前所能提供给他的、能支付得起的、适宜的治疗技术，它包括基本药物、基本服务、基本技术和基本费用等内容。我国的社会医疗保险由基本医疗保险、企业补充医疗保险和个人补充医疗保险三个层次构成。
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