劳动者在上班期间生病，而且申请病假，但超过法定医疗期的，那么单位会解除劳动合同，而且支付劳动者经济补偿。法律依据：《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》第三条：企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期：（一）实际工作年限十年以下的，在本单位工作年限五年以下的为三个月；五年以上的为六个月。（二）实际工作年限十年以上的，在本单位工作年限五年以下的为六个月；五年以上十年以下的九个月；十年以上十五年以下的为十二个月；十五年以上二十年以下的为十八个月；二十年以上的为二十四个月。第四条：医疗期三个月的按六个月内累计病休时间计算；六个月的按十二个月内累计病休时间计算；九个月的按十五个月内累计病休时间计算；十二个月的按十八个月累计病休时间计算；十八个月的按二十四个月内累计病时间计算；二十四个月的按三十个月内累计病休时间计算。第八条：医疗期满尚未痊愈者，被解除劳动合同的经济补偿问题按照有关规定执行。
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职工患病期间单位和我解除劳动合同的处理方式：若属于患病医疗期内的，可以要求用人单位支付二倍经济补偿标准的赔偿金或者继续履行劳动合同；若用人单位不支付或不履行，可以向劳动行政部门进行举报、投诉。
不合法。 首先，对某些患特殊疾病(如癌症、精神病、瘫痪病)的职工，在24个月内尚不能痊愈的，经企业和当地劳动部门批准，可以适当延长医疗期。 其次，对在医疗期内医疗终结或医疗期满不能从事原工作，也不能从事用人单位另行安排的工作的，应当由劳动鉴定委员会参照工伤与职业病致残程度鉴定标准进行劳动能力的鉴定。被鉴定为一至四级的，应当要求其退出劳动岗位，办理退休、退职手续，终止劳动关系。 其三，对被鉴定为五到十级劳动能力的职工，医疗期满，不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的，可以解除劳动合同。
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