根据《国家税务总局关于简化增值税发票领用和使用程序有关问题的公告》(国家税务总局公告2014年第19号)规定：一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，按以下情况处理：（1）如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证;（2）如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。（3）一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票联复印件留存备查;如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联认证，专用发票发票联复印件留存备查。
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增值税专用发票的抵扣方法：销项税额减去进项税额，按其差额进行缴纳。销项税是一般纳税人在销售货物时，向购货方收取的货物增值税税额。进项税是指纳税人购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产或者不动产，支付或者负担的增值税额。
增值税专用发票的抵扣流程： 1、首先需要将税控盘插到电脑的主机上，登录到增值税综合服务平台，点击需要认证的月份； 2、勾选好发票的开票日期，点击查询； 3、勾选收到的纸质需要认证的发票，点击确定并提交； 4、提交之后选择申请统计，勾选认证成功； 5、最后进入电子税务局填写增值税申报表进行抵扣。
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